Di origini romane, il paese ha la prima menzione in carte medievali del 984.
Incisa fu capitale di un piccolo marchesato aleramico, fondato nel XII secolo, che rimase autonomo, pur passando di signoria in signoria, fino al 1548. Nel Medioevo il centro abitato era il Borgo Villa, sul colle omonimo, cinto di mura nelle quali si aprivano tre porte, di cui ne rimane solo una. A partire dal Cinquecento l'insediamento si estese lungo la via Pozzomagna, fino a formare alle pendici del colle, il Borgo Ghiare.